La invasión musulmana en el año 711 convirtió a La Mancha en tierra de nadie y el pueblo invasor creó un importante entramado defensivo que denominó en su lengua Al-kasar, que significa «palacio fortificado», dando nombre a la población. Tras la desastrosa derrota cristiana en la batalla de Alarcos (1195) hubo una efímera retirada de las tropas castellanas, pero la victoria de las las Navas de Tolosa (1212) supuso la cristianización definitiva de la comarca, aunque persistió aún una importante población morisca y judía. Se revitalizó la repoblación para cambiar este estado de cosas: abundan las franquicias y privilegios concedidos por los reyes a quienes deseen instalarse en estas tierras desde otros reinos.
Sancho IV de Castilla autorizó a fines del XIII al Comendador de Consuegra para que fijara los términos municipales de Alcázar en las tierras de la Orden de San Juan, aunque ya el Gran Comendador había comenzado a reconstruirla; con el privilegio de Sancho IV (que es el pergamino más antiguo que contiene su Archivo Municipal) la población se convierte en Villa, adquiere escudo propio y queda delimitada con un término municipal muy extenso, lindante con tierras de las Órdenes de Santiago y Calatrava.
Desde entonces se denominó a la villa bien como «Alcázar de Consuegra» o bien como «Alcázar de San Juan», por la Orden Militar que la protegía. La Orden Militar de los Hospitalarios de San Juan se estableció en 1189 en La Mancha formando el Gran Priorato; en el siglo XIII construye el edificio más característico de la villa, el Torreón del Gran Prior.
