Bajo el dominio andalusí la ciudad perteneció al Califato de Córdoba, aunque posteriormente pudo constituirse en reino de taifa, gobernado por el cadí Avengalbón, que hospedó al Cid Campeador en su camino a Valencia. Durante la Reconquista Molina fue tomada por el rey aragonés Alfonso I el Batallador en 1129. Sin embargo, la repoblación la hizo el Reino de Castilla, por estar situada al oeste del Sistema Ibérico. Se constituyó en Señorío independiente a favor de Manrique de Lara, mediador entre ambas coronas en la disputa por el territorio molinés, siendo dotada de Fuero y constituyéndose en Comunidad de Villa y Tierra.
A la muerte de la última Señora independiente, Blanca Alfonso de Molina, hija del infante Alfonso de Molina, el Señorío pasó a su hermana María de Molina, integrándose en el Reino de Castilla por su matrimonio con Sancho IV el Bravo. Posteriormente, y durante la guerra entre Castilla y Aragón de 1356-1369, la ciudad (hasta entonces conocida como Molina de los Caballeros) y su señorío pasaron a Aragón. De esta pertenencia proviene el nombre actual de la ciudad.
En la actualidad, la «Real Comunidad del Señorío de Molina y su Tierra» es la única Comunidad de Villa y Tierra que sigue existiendo como institución en la autonomía de Castilla-La Mancha.
