La primera alusión a Haro data del 1040, en un documento del rey navarro García Sánchez III de Navarra «el de Nájera» en el que donaba a su esposa Estefanía de Foix, mediante la carta de arras, «Bilibium cum Faro«.
De 1063 es el primer documento donde se cita la presencia de judíos en la villa. Pertenece a una donación de Sancho Garcés IV de Navarra al obispo de Álava don Nuño, en la que le entregaba la heredad del judío Marlahim, situada en el término del Viano.
La villa fue donada por Alfonso VI de Castilla a Diego López I de Haro, señor de Vizcaya desde 1093, reafirmando su posesión Urraca de León y Castilla hija de Alfonso VI por la ayuda que prestó este en las luchas contra su ex-marido el rey aragonés Alfonso I de Aragón sobre el año 1110.
Alfonso VIII concedió fuero a Haro, el 15 de mayo de 1187, conseguido por mediación de Diego López II de Haro, y que sería confirmado en 1254 por Alfonso X «el sabio«. Alfonso VIII también concedió un fuero específico a los numerosos judíos de la aljama jarrera.
En 1288 el Castillo de Haro es asaltado, saqueado y destruido por Sancho IV «el Bravo«. Poco después rebautizó la villa como Villabona y convocó las Cortes.
El 6 de agosto de 1358 se reúnen en Haro la junta de los principales pueblos próximos: Vitoria, Logroño, Nájera, Santo Domingo de la Calzada, Miranda de Ebro, Treviño, Briones, Davalillo, Labastida, Salinillas de Buradón, Portillo, Salinas de Añana, La Puebla de Arganzón, Peñacerrada y Santa Cruz de Campezo, para unirse y auxiliarse contra los malhechores o poderosos, formando las Ordenanzas.
En 1520 el pueblo se levanta por primera vez contra los privilegios del conde de Haro y los abusos de los comerciantes flamencos de Carlos I.
