Esta villa tiene su origen en la Alta Edad Media, alrededor de la abadía de Santa Juliana. Se han recuperado huesos humanos medievales en la necrópolis de esta localidad. Fue estableciendo un dominio territorial y jurisdiccional, especialmente en la zona conocida como Merindad de las Asturias de Santillana, de la que casi con toda seguridad era capital. Dicha merindad era una de las 13 que entonces formaban el Reino de Castilla.
En 1045 Fernando I le otorgó un fuero, por lo que la abadía pasó probablemente a ser colegiata. Desde entonces recibió sucesivos privilegios y donaciones de los reyes de Castilla. A partir de 1175 se configura una organización con abad y cabildo. Gracias al apoyo de la nobleza, consiguió convertirse en la abadía más importante de la Cantabria medieval. En 1209 Alfonso VIII le concedió un nuevo fuero, dándole estatuo de villa a la localidad. El monasterio ya era colegiata, hecho presumiblemente comprobable en la documentación posterior a 1107, con lo que Santillana que pasó a ser la capital de las Asturias de Santillana, siendo el abad su señor.
Durante el siglo XIII la abadía de Santa Juliana decayó al convertirse en dependiente de la diócesis de Burgos, pero comenzó el desarrollo urbano de la villa, organizado en torno a la Plaza Mayor o del Mercado (hoy plaza de Ramón Pelayo) y la Torre del Merino. Como exresión del poder civil, durante los siglos XIV y XV se construyeron algunos de los mayores palacios y torres de la villa. En 1445 el rey Juan II dio el señorío de la villa al primer Marqués de Santillana y a sus sucesores, los Duques del Infantado (miembros de la familia de Mendoza), créandose así el Marquesado de Santillana. La pérdida de la condición de realengo supuso dejar de ser capital de corregimiento, iniciándose la decandencia de la villa.
